El imperio de los Incas, el Tahuantinsuyo, que se extendió hasta Pasto en Colombia y el rio Maule en Chile, tuvo su centro en el Cusco, el “ombligo del Mundo”, considerado ciudad sagrada.
Cuentan dos mitos sobre la fundación del Cusco: el de los Hermanos Ayar y el de Manco Capac; el primero con mayor aproximación histórico-científica sustentada por los vestigios arqueológicos e información de los primeros cronistas.
Según las leyendas y las crónicas, los incas fueron trece y dominaron el valle del río Huatanay sobre el que se levanta la ciudad de Cusco, hacia el año 1200 dC, constituyendo el Tahuantinsuyo en menos de un siglo.

Tras la conquista de procedió a la fundación española de la ciudad (el 23 de marzo de 1534). El arribo de una nueva cultura transformó los templos y palacios incaicos en casonas e iglesias coloniales. La ciudad poco a poco fue convirtiéndose en símbolo de mestizaje, no sólo arquitectónico sino principalmente cultural.

El terremoto de 1650 redujo a ruinas la ciudad y los alrededores, pero dio ocasión para iniciar el nuevo arte cusqueño bajo el mecenazgo del obispo Mollinedo, quien en su propósito de reconstruirla alentó el desarrollo de la arquitectura, la talla en madera y la pintura.
El Cusco fue escenario de varios movimientos de resistencia andina, entre los que destaca el de José Gabriel Condorcanqui, Túpac Amaru II, en 1780.

Tras la declaración de la independencia, el Libertador don José de San Martin creó el departamento de Cusco el 26 de abril de 1822, aunque fue recién en 1825, con la llegada de Simón Bolivar, que se romperían definitivamente los lazos con la corona española.
En la actualidad, Cusco es uno de los centros de la actividad turística en América del Sur y cuenta con modernos servicios turísticos, así como una interesante vida nocturna.